[전문가 칼럼 | 김윤석 교수] 상가 매도할 때 10% 더 내야 한다? 상가 부가가치세, 모르면 손해 보는 이유
상가를 팔 때 가장 먼저 떠올리는 세금은 보통 양도소득세입니다. 하지만 실제 거래 현장에서는 이보다 더 혼란을 주는 세금이 하나 더 있습니다. 바로 부가가치세(VAT) 입니다.
“상가를 파는데 왜 부가가치세를 내야 하나요?”
“토지도 부가가치세 대상인가요?”
“계약서에 부가세 별도라고 쓰면 무조건 더 받는 건가요?”
이 질문에 명확히 답하지 못한 채 계약을 진행했다가, 수천만 원을 더 내거나, 반대로 받아야 할 돈을 못 받는 경우도 적지 않습니다. 이번 칼럼에서는 실제 사례를 통해
1.상가 매도 시 부가가치세가 언제 발생하는지,
2.건물분·토지분 구분이 왜 중요한지,
3.사업양수도를 활용한 절세 포인트는 무엇인지를 핵심만 정리해드립니다.
사례
상가 1채를 보유한 김 사장은 약 3년간 상가를 운영해 왔습니다. 그러다 갑작스러운 사업자금 부족으로 보유 중인 상가를 5억 원에 급매로 내놓게 됩니다. 하지만 매각을 준비하던 중, 양도소득세 외에 부가가치세 문제가 추가로 발생할 수 있다는 이야기를 듣고 고민에 빠졌습니다.
“상가를 팔면 부가가치세를 얼마나,
어떻게 내야 하는 걸까?”
“절세할 방법은 없을까?”
핵심 해설
상가를 매도하는 경우,
건물분 → 부가가치세 과세 대상
토지분 → 부가가치세 면세
라는 원칙이 적용됩니다. 따라서 매매대금 전체가 아니라, 건물분으로 배분된 금액에 대해서만 10% 부가가치세가 부과됩니다.
예를 들어, 매매가 5억 원
건물분 2억 원 / 토지분 3억 원으로 구분된다면
부가가치세는 건물분 2억 원 × 10% = 2천만 원입니다.
이 과정에서 가장 중요한 것이 바로 건물분·토지분 금액을 어떻게 나누느냐이며, 이는 반드시 전문가와의 사전 검토가 필요합니다.
계약 시 주의사항
또 하나의 핵심 포인트는 ‘부가가치세 별도 표기 여부’입니다.
계약서에 부가가치세 별도로 명시된 경우
→ 매수인이 매매가 외에 부가세를 추가 지급
→ 매도인은 5억 + 부가세를 수령
별도 표기가 없는 경우
→ 5억 원에 부가가치세가 포함된 것으로 간주
→ 매도인이 실질적으로 수령하는 금액은 줄어듦
이 한 줄 문구 차이로 수천만 원의 손익 차이가 발생할 수 있습니다.
절세 대안: 사업양수도 계약
만약 부가가치세 문제로 매도인·매수인 간 협의가 어렵다면, 사업양수도 계약을 검토할 수 있습니다.
사업 전체를 포괄적으로 양도·양수하는 방식으로 진행하면, 부가가치세가 상호 간 발생하지 않는 구조를 만들 수 있습니다.
다만, 형식만 사업양수도이고 실질이 다르면 문제가 될 수 있으므로 계약서 작성 단계부터 공인중개사 + 세무전문가의 검토가 필수입니다.
맺음말
상가 매도는 단순히 “얼마에 팔 것인가”의 문제가 아닙니다. 어떤 구조로 계약하느냐에 따라 실제 손에 쥐는 금액이 완전히 달라질 수 있는 거래입니다.
특히 부가가치세는
- 계약서 문구 하나,
- 건물분 배분 비율 하나로
절세가 될 수도, 불필요한 세금 부담이 될 수도 있습니다.
상가 매각을 고민 중이라면, 계약서 작성 전 반드시 세무 전문가와 충분한 사전 상담을 통해 본인에게 가장 유리한 구조를 먼저 설계하시길 권해드립니다.

김윤석 상임고문
AI부동산경제신문ㅣ부회장
미소교육컨설팅 대표이사
비즈세무법인 절세컨설팅사업부 이사
엔터부동산 연구소 소장
신구대학교 세무회계학과 겸임교수
인덕대학교 세무회계학과 겸임교수
한국부동산개발전문가협회 주임교수
생산성본부 외래교수
해커스 공인중개사 외래교수
EBS교육방송 명품공인중개사 외래교수
(재)건설기술교육원 외래교수